Die Schülerinnen und Schüler der GemS Freisen werden während ihrer gesamten Schulzeit im angestammten Klassenverband unterrichtet. Lediglich in Klasse 9 und 10 erfolgt während der Unterrichtung der Hauptfächer eine räumliche Trennung der Schülerinnen und Schüler, die im jeweiligen Jahr eine Abschlussprüfung ablegen müssen, um eine adäquate Vorbereitung auf diese Prüfung zu gewährleisten.